Wszyscy doktoranci (nie posiadający stopnia doktora) w Szkole Doktorskiej otrzymują stypendia doktoranckie zgodnie z wymogami ustawy z dnia 20 lipca 2018 r. Prawo o szkolnictwie wyższym i nauce. Wysokość stypendium doktoranckiego w Szkole Doktorskiej UPH zostało ustalone Zarządzeniem nr 102/2019 Rektora Uniwersytetu Przyrodniczo-Humanistycznego w Siedlcach z dnia 11 października 2019 r. w sprawie w sprawie stypendium doktoranckiego w Szkole Doktorskiej Uniwersytetu Przyrodniczo-Humanistycznego w Siedlcach